На основе вопроса.

Понадобилось на одном проекте разграничить роли и столкнулся с проблемой, что некоторые чекбосы отключены. Как решали данный вопрос?

Это означает, что на эти роли распространяется разрешение от роли "авторизированный пользователь". Если хотите более гибко управлять, то снимайте галку с авторизированных и ставьте только у нужных ролей