Не надо удалять ничего, достаточно выключить блок, поменяв "1" на "0" в таблице System

Проще восстановить из бэкапа...у вас ведь есть бэкап?

Начальник жжОт. Боюсь, бэкап приведет к полной неработоспособности, ибо в бэкапе может оказаться тестовая версия сайта с ненужными нодами. И возникнет желание их удалить в БД...
Уважаемый автор! Лезть в БД на работающем сайте - это не тру. Собссно как и обкатывать ваши сырые скрипты. Осторожней надо быть. Поломалось, не знаете что делать? Тогда спросите!
По теме: Бэкап надо иметь перед каждым сколько-нибудь серьезным изменением на сайте. Сейчас создать вручную в БД удаленную запись может не привести к положительному результату (вряд ли вы вспомните что было в той удаленной строчке). Хотя если вы волшебник, то у вас все получится.

Нарушена последовательность Чтение-Проверка-Вывод.
Ошибка чтения из БД приводит к тому, что код отрабатывает с ошибкой и завершается досрочно, до вывода на экран нужных блоков. Вот они как будто есть, и как будто их нет.
Либо восстановление из бэкапа, либо вручную восстановление последовательности следования блоков в таблице БД.
Восстановить запись в БД попробуйте. Только если в табличке, куда добавите свою запись, будет поле-счетчик записей, то придется поколдовать. На пальцах, чтобы понятно о чем речь: в Друпале идет сквозная нумерация нод. При удалении, например, ноды за номером 222, следующая созданная будет 223, и пофиг, что 222 была последней созданной вами. Вот и в вашем случае как бы не промахнуться...
Чесслово, не исследовал вашу проблему. Не берусь давать 100% совет-ответ. И эмулировать ваше повреждение на своем сайте нет желания. Просто предостерегаю от последующих ошибок. Это подсказки, так сказать.

Мда, припомнился один из глюков, когда у меня, как и у вас, криво отображались блоки. Тогда мне помог запуск update.php и cron.php - только что тогда сломалось, не припомню... однако точно одно: в БД я не лазил руками.