Коротко:
Ставлю три языка, русский(основной), украинский, английский. Английский не кликаеться(ссылка создается такая-же как в русском), по Language icons если использовать path, если оставить формате node/%d то кликаеться, но язык не меняется на английский.
ссылки на третий язык создаются верно.
Если сходить на несуществующую страницу то
sitename/uk/asdjgiosfo -> меняет язык на украинский
sitename/en/asdjgiosfo -> не меняет язык

П.С. Как кривой вариант решения моей проблемы подойдет оставить en языком по умолчанию, но пользователь должен попадать на русский изначально.

Подробно:
Поствил для проверки чистый друпал 6.16, с модулями
Core - optional: Content translation, Path, ...
Other: I18N : Content type translation, Internationalization, Language icons, String translation; Pathauto; Token, Token actions;

В pathauto правило [title-raw]
В admin/settings/language/configure -> Path prefix only.
В admin/settings/language/i18n -> Mixed current language (if available) or default language (if not) and language neutral.