Спасибо, попробовал данный способ, но в моем случае он не подходит.
В статье речь идет о создании новых свойств для сущности и добавлении их для поиска.

Мне же нужно производить поиск по полю, которое уже есть в товаре и у него есть свой токен.

В логах пусто. Никаких ошибок и предупреждений нет.

Спасибо, в настройках запроса поставил "Уникальность" и записи перестали дублироваться. Удивительно, что ранее я уже это делал, но не помогало)

На счет фасетного фильтра думал, но пока руки не доходят.
Вот пример - http://igorkoyg.bget.ru/catalog/125/
Если выбрать "сортировать по цене" то порядок не меняется.

Спасибо за ответы.
Проблему решил. Все стало нормально обновляться после того, как в соответствиях импортера установил поле артикул, как уникальное.