Честно говоря столкнулся с такой же ерундой.
Устанавливаешь на Commerce Kickstart модуль Localization update, модуль устанавливается корректно:
Installation was completed successfully.
l10n_update

Installed l10n_update successfully
Next steps

Install another module
Enable newly added modules
Administration pages

Переходишь в раздел модулей, но вновь установленного модуля там нет.

upd: Решил проверить на темах. Устанавливаешь совместимую с Drupal Commerce тему, она устанавливается корректно, без ошибок, но в списке тем не появляется. В логах ни ошибок про права, ни каких либо других серьезных ошибок нет.

Установлен с нуля чистый commerce_kickstart-7.x-2.13-core.tar.gz
Никаких дополнительных настроек не производилось.

Подскажите направление, в котором посмотреть.

Включил мозги - всё решилось.

Не хватало права на запись каталогам:
../kickstart/sites/all/modules
../kickstart/sites/all/themes

При этом Drupal (Commerce Kickstart) не выдавал никаких ошибок при заливке новых модулей и тем. Говорил, что всё succesful...

Дал права - всё заработало.