На счёт очистки перевода в базе вопрос интересный, можно простенький скрипт написать, который проверяя пути удаляет перевод ссылающийся на несуществующие модули, таким же образом можно вытянуть перевод отдельного модуля.

Удалить записи в system и variables соответствующие данному модулю. А проще всего найти эти модули, скачать и распаковать обратно в папочку сайта и заново установить\удалить.

Вопрос актуален.

Если неправильно удалить модуль просто стерев его
я заметил
время генерации страницы увеличивается в несколько раз