Хотелось бы ответ на вопрос.
В документации к update.php до сих пор написано отключить модули перед обновлением, я только вот не понимаю зачем это написано, когда много модулей при отключении удаляет различные данные и теряется информация.

Нафига такая медвежья подсказка, специально чтобы люди данные теряли?

А модули на новой версии друпала не должны включаться до тех пор пока вы их там не разместите в all/modules снова, при обновлении их там можно оставить, а если что поламалось то обновить и модуль тоже.

Но не выполнять штатного отключения модуля перед обновлением, так как модуль может выполнить операции по зачистки данных связанных с ним.

Единственный путный способ это пометить модули как выключенные, но при этом не выполнять методы которые на выключение модуля висят.

Или я может не так что то понял в данном вопросе?

Отключить и удалить не путаете?

Признаю ошибку свою, вероятно я давно и по не опытности все таки зашел в раздел удалить, а не отключить. По коду, в друпале _uninstall вызывается действительно только, когда выполняется операция удалить, а не отключить.