На орге есть прекрасная инструкция, как с помощью утилиты для командной строчки применять патчи под виндой. Сам я не девелопер, но изредка ради новых фич и патчи юзаю. Однако не понятно, надо ли отключать модуль перед тем, как заменять его файлы на пропатченные - или достаточно просто поставить сайт на техобслуживание.

Пока что на всякий случай предварительно отключаю, но хотелось бы уточнить.