Сегодня обнаружил, что мой сайт перестал проходить валидацию после включения модуля boost, т.к. тот добавил в конце страницы вывод своего скрипта. Решение простое в файле boost.module ищем строки
<?php
$js_start = '<script type="text/javascript">';
$js_end = '</script>';
?>
и меняем на:
<?php
$js_start = '<script type="text/javascript"><!-- ';
$js_end = ' //--></script>';
?>
После этого валидация XHTML 1.0 Transitional проходится нормально