Решается введением в профиль пользователя ССК поля "Бонусные бабки" (как вариант) или можно при условии написания отдельного модуля хранить эти данные в таблице, а дальнейший функционал строится на хуках уберкарта. Расчет бонусами возможен, только для этого придется написать платежный метод. т.е. при оплате товара у человека появится галочка например рассчитаться манями или выбрать расчет бонусами. Если есть желание проспонсировать разработку такого модуля готов взяться за его реализацию под 5-ку, с последующей портацией на 6-ю ветку.

Если конечно вот это http://drupal.org/project/userpoints_ubercart Вам не подойдет.

Это будет зависеть от технического задания по модулю.
Даже ориентировочно сказать не могу поскольку не знаю сколько на это потребуется времени.
Если есть желание пообщаться на эту тему, контакты в профиле.