Пхп по умолчанию синхронный и однопоточный, поэтому цикл всегда проходит последовательно. Если у вас при этом другие задачи тормозят на сервере, то у вас скорее всего слабый сервер. В первую очередь нужно обратить на количество ядер и их тактовую частоту.

PHP может выполнять скрипты из командной строки, скрипты, при этом, они должны быть на это рассчитаны - там другое несколько окружение. Можно использовать nice/ionice для управления приоритетами выполнения. Конечно, это должен быть процесс выполняющийся в php-cli, а не страничка дёрнутая через какой-нить wget, т.к. приоритет будет задан для wget, а не для генерации этой странички. В частности, можно запускать такие скрипты и через крон.

Есть масса методов, обеспечивающих последовательное выполнение задач. В простейшем случае, можно написать свой скрипт, который проверяет, что он запущен только в одном экземпляре(блокировка через базу, блокировка через flock и.т.п.), и запускает необходимые задачи(их очередь можно строить в базе, например), и выполнять его по крону.

Ffmpeg имеет опцию, позволяющую выделять ему определённое количество ядер(по умолчанию используются все), этим можно пользоваться, чтобы ограничить нагрузку. Вообще, конвертация видео, процесс очень ресурсоёмкий. Если у вас какая-то виртуалка с одним/двумя ядрами, конечно всё будет тормозить.