насколько я знаю ссылки без href вообще лучше не использовать, могут быть косяки в браузерах. А расскажите об причине почему скрипу нужен пустой атрибут href? может вы смотрите не туда? и почему бы скрипту самому не удалить этот атрибут?

Используйте функцию theme_menu_link в template.php

Если конечно дружите с php

Если знаете php воспользуйтесь той функцией что писал выше.

По ней уже можете определить уже есть ли родительские/дочерние элементы и скрывать их или заменять на span