Определённо разумно. Я так и делаю обычно. Только на мой взгляд конфиги лучше держать отдельно от раздела с ОС и тоже бекапить.

Есть вариант ещё - сервера на виртуальной машине (или машинах), а файлы на сетевом/расшаренном Samba-диске - преимущество в том, что можно один и тот же сайт гонять поочередно в разном окружении (ОС, PHP, веб-сервер и т.д.). Однако, при этом будет заметное снижение производительности.

Ситуация следующая: твой виртуальный диск /dev/vda объемом 250Гб содержит один раздел /dev/vda1, который занимает весь объем диска, и создать дополнительный раздел нет возможности, поскольку для него нет свободного места.
В данной ситуации можно попробовать уменьшить размер раздела /dev/vda1, и на освободившемся на диске месте создать новый раздел /dev/vda2
Но поскольку раздел /dev/vda1 смонтирован в корень файловой системы - / то отмонтировать его так просто не получится.
Можно попробовать создать раздел в ОЗУ-рамдиске, скопировать туда минимальный набор файлов, требующихся для функционирования ОС, и сделать chroot в этот раздел, после чего отмонтировать /dev/vda1, но хватит ли объема памяти и умений для такой не самой простой манипуляции - не факт.
А уменьшать размер смонтированного в корень раздела "на живую" без отмонтирования - is probably a bad idea, тут я согласен с fdisk.

С другой стороны, с точки зрения физического сервера, на котором крутится твоя виртуалка, твой диск /dev/vda ни что иное, как файл - образ блочного устройства.
И если у тебя в виртуалке "посыпется диск", физически это будет означать повреждение файла с образом диска. Будет ли в этом образе один раздел или несколько - никакой роли не сыграет, т.е. такое разделение виртуального диска на несколько разделов никакой дополнительной отказоустойчивости не даст.

Резервное копирование раздела целиком - во-первых, в момент создания бэкапа нужно прекратить все операции записи в этот раздел, иначе есть риск, что в резервной копии окажется каша. Как правило, для этого требуется, опять же, отмонтирование раздела на время его бэкапа.

В общем, установи лучше какой-нибудь backup-manager, настрой его должным образом, и не морочь себе голову.

Я вообще-то выше предполагал, что речь идёт о локальном сервере, для разработки. На VDS этот финт вряд ли прокатит, поскольку для создания разделов действительно нужно освобождать необходимое место и кроме того, возможно, загружаться с внешнего загрузочного диска. Доступа же к внешним носителям, на VDS, как правило у вас нет.

Вообще - по-моему политика большинства VDS-хостингов не предполагает разбиение выделяемого дискового пространства на несколько разделов. Обычно вам просто предоставляется преднастроенная виртуальная машина.