htaccess проверьте + http://www.revisium.com/ai/

смените пасворды все, и ftp не юзайте без шифрования. удаление просто, сначала перезалейте все модули, потом почистите все шаблоны, затем смотрите директорию куда закачиваются файлы. Обычно шелл туда заливают. Ну и базу потом проверьте, если у вас разрешен full html иль php