Очень долго искал как обновлять версии модулей, нашел:
http://www.ibm.com/developerworks/ru/library/i-osource9/index.html
Может кому пригодится

Чтобы обновить версию модуля:
Сначала создайте резервную копию базы данных перед попыткой обновления ее схемы, и убедитесь, что эта резервная копия является корректной и полной. Затем войдите в систему как администратор (пользователь с uid == 1) и перейдите по адресу http://your.drupal.site/update.php
Выберите ссылку Run the database upgrade script (Выполнить сценарий обновления базы данных) для начала процесса обновления. Вы должны увидеть экран, аналогичный показанному на рисунке 5. Ваша установка Drupal может иметь большее число ниспадающих списков выбора, зависящее от количества установленных вами модулей. Поскольку мы обновляем модуль announcements, убедитесь в том, что в его ниспадающем списке выбран самый большой номер версии, затем нажмите Update. Drupal обрабатывает все обновления модуля, начиная с установленной версии и заканчивая выбранной вами версией.