Первое, что надо понять для создания структуры сайта на Drupal - то, что изначально в Drupal, в отличие от некоторых систем управления порталами Enterprise уровня, с которыми приходилось работать, нет понятия раздел и подраздел. Т.е. есть просто ноды одного уровня, системные пути которых не имеют никакой иерархии. Т.е. node/2 может быть адресом раздела, а node/1 - адресом подраздела. Однако иерархию можно достаточно удачно сымитировать.

Для вашего случая. Простой рабочий способ создания разделов сайта/каталога интернет-магазина (что по структуре одно и то же). Требует понимания CCK, Таксономии и Views.

1.
Определяете тип/типы контента, с которыми будете работать
Например, "Страница"

2.
Создаете словарь, в термины которого описывают ваше дерево разделов/подразделов/рубрик
Например словарь "Разделы сайта". В настройках словаря определяете, что будете с помощью его классифицировать контент типа "Страница"
Задаете для словаря термины

Федеральный раздел
-Подраздел 1
--Рубрика1
--Рубрика2
--Рубрика2
Еще какой-нибудь раздел
-Подраздел 1
--Рубрика 1
---Подрубрика 1
----и т.д.

3.
Создавая страницу с контентом, выбираете в появившемся выпадающем списке нужный раздел или рубрику

4.
Разделы/подразделы создаете с помощью Views, выбирая для соответствующего раздела ноды соответствующих рубрик и конфигурируете, как душе/заказчику угодно

5.
Создаете обычное древовидное меню для ваших разделов, если необходимо выпадающее, ставите Superfish или Nice Menus

все.