самое странное во всем этом - почему собственно запустилась инсталляция? Где находится код который устанвливает флаг? Смотрел в базе - пременная install_task стоит s:4:"done";

хм. да не пустая. и файл присутствует. и права на него есть. ничего не понимаю. С чем еще может быть связано? Кстати провести установку тоже не удается - выдает ошибку о отсутствии этого самого файла и отсутсвии папки files - что самое странное все нормально работало до того момента как я попытался загрузить файл на сервер через друпал. Уже по новой залил файлы на сервер - перезалил базу. тем не менее

а где выполняется проверка на существование этого файла не можете подсказать?

Вообщем проблема решилась следующим образом. Во первых - функция которая формирует путь к настройкам находиться в файле bootstrap.inc и называется conf_path. Создал на основе этой функции тестовый скрипт - и выяснил что действительно файл не находит.
Начал разбираться - для того что бы понять в чем проблема использовал функции opendir/readdir - благодаря этому выяснил что скрипт получает пермишин денайд. Дал все права доступа на файл и директорию. Друпал запустился и уведомил меня о том что есть ошибки - в том числе открытый для записи каталог настроек убрал разрешения на запись оставил чтение и выпонение - все заработало. Моя ошибка видимо была в том что я ставил чтение/запись - хотя тоже не понятно - ведь до того как я попытался загрузить файлы все работало без всяких.