Итак, моя первая запись на drupal.ru Надеюсь кому-нибудь будет полезно

Проблема:

Ссылки на пункты меню, созданные taxonomy_menu, имеют вид:

categories/1/2/3
technology/1/2/3

несмотря на установленный pathauto.

Решение:

Открываем файл taxonomy_menu.inc в sites/all/modules/taxonomy_menu/
Ищем в нем следующие строчки:

foreach ($tree as $term) {
if ($term->depth <= $old_depth) {
$slashes_to_remove = $old_depth - $term->depth + 1;
for ($i = 0; $i < $slashes_to_remove; $i++) {
$old_path = substr($old_path, 0, strrpos($old_path, '/'));
}
}
$path = $old_path .'/'. $term->tid;
$old_depth = $term->depth;
$old_path = $path;

Меняем их на:

foreach ($tree as $term) {
if ($term->depth <= $old_depth) {
$slashes_to_remove = $old_depth - $term->depth + 1;
for ($i = 0; $i < $slashes_to_remove; $i++) {
$old_path = substr($old_path, 0, strrpos($old_path, '/'));
}
}
$path = $old_path .'/'. $term->tid;

if($alias = drupal_lookup_path('alias','taxonomy/term/' . $term->tid)) path_set_alias($path, $alias);

$old_depth = $term->depth;
$old_path = $path;

Решение нашел здесь