Тоже столкнулся с такой проблемой: либо Mobile Theme, либо кэш.
В итоге пришёл к решению проблемы с другой стороны. Для этого понадобилось два модуля:
https://www.drupal.org/project/boost
https://www.drupal.org/project/boost_mobile
А модуль Mobile Theme отключил вообще.
Теперь две разные темы кэшируются для различных устройств, то есть для компьютера своя тема, для мобильного телефона своя.