Может быть проблема в 'z-index' в css?

Все гораздо проще. В настройках самого флага, в поле "Постановка флага: текст ссылки " можно применять токены.
К примеру в нодах это выглядит так:
Ответить [node:flag-vote-count]
, где vote - машинное имя самого флага.

Заметил одну закономерность - max_allowed_packet должно быть не больше 20. Если больше, то ошибку все также выкидывает.