Сегодня столкнулся с подобной проблемой.
Решение было в корявом htaccess, а конкретнее в коде boost, который был добавлен в htaccess. Временное решение проблемы - дефолтный htaccess, с проблемами буста пока не разбирался - времени нет.

P.S. выключение чистых ссылок есть решение той же самой проблемы htaccess, но только с другого конца ))

Может модули какие выключил?