решил подобную проблему следующим образом:
1. удалил все данные из всех таблиц БД
2. Импортировал из резервной копии

Скрипт по выполнению первого пункта получил с помощью кода:
select concat("delete from ", TABLE_NAME, ";") from information_schema.tables
where TABLE_SCHEMA = 'имя бд'
and TABLE_TYPE = 'BASE TABLE'