Как другой вариант, посмотреть на это решение, портированное из восьмерки: https://www.drupal.org/project/configuration.
Но решение сырое, на "живом" сайте не пробовал, надо проверять.
Толковый деплой - не сильная сторона друпала, по крайней мере седьмого... Это мое мнение.

Ок. Спасибо.

Стоит добавлять в заголовок темы префикс [Решено], если решение найдено. И поделиться им с участниками сообщества тоже лишним не будет ))

Посмотрите на модуль Organic groups access control, что идет в одном пакете с Organic groups. В нем есть всё необходимое для реализации такого функционала. По-умолчанию он выключен.

Можно попытаться вынести файловую систему за пределы каталога sites, на уровень выше, указав в настройках пути, например, такое значение: "../files".
Возможно, что при этом будет лучше выбрать "Метод загрузки по умолчанию" - "Закрытый — передачей файлов управляет Drupal".

Для организации хранения и доступа к приватным файлам такой метод работает, проверял. К общим - не знаю, надо пробовать. Такой метод еще зависит от хостинга, также надо проверять.

Да, забавно
Прошу прощения, вышло как издевка. Видимо, где-то в другом месте прочитал о реализации вывода ноды в окне колобокса.

А в каталоге с файлами резервных копий лежит .htaccess?
Также он должен находиться чуть выше - в каталоге private.

Можно еще проще - установить модуль colorbox_node и прочитать read.me.

Можно сделать так: на основе главного меню сайта сформировать через модуль menu_block меню с фиксированным количеством уровней - 2. И вывести его в блоке в шапке сайта вместо стандартного главного меню (primary menu). Тогда подменю всегда будет присутствовать.