Сегодня столкнулся с такой же проблемой. Но мне надо было единоразово создать пачку страниц с определенными урлами. После node_save pathauto все равно крепил свои, хотя даже в поле синонима был правильный адрес. Как это не смешно, помогло только временное отключение pathauto, затем генерация нод, ну а затем снова его включить. Может поможет кому. Минус вродь только один, массвое обновление урлов на сайте теперь не желательно...