Сначала обновил ядро и все модули, а потом уже заметил что появился новый пользователь drupaldev. Удалил пользователя, а затем начал искать остальные следы, методами описанными в шапке. Но ничего так и не нашел, плохо искал? или это из-за того что обновился нет остальных следов?

Если не помогает