Большой человеческий спасиб!
Действительно дело было в машинисте, а не в машине. Проблема оказалась в используемом архиваторе, он не правильно(не полностью) открывал файлы (каталоги) скачанного обновления из архива .gz , если скачивать .zip архив - то проблем нет.
P.S. Если скачанные обновления в архивах .gz сразу кидал бы на сервер то проблем бы не было, но я их открывал на своей стороне и потом архивировал и уже этот архив кидал на сервер. Как результат - проблема с обновлением.

Не вижу взаимосвязи, места еще 4гБ свободно, закачку делал как прямым копированием файлов, так и перекидыванием архива и разворачиванием архива на сервере.