Все, понял уже :-(, что LEFT JOIN. Тогда весьма вероятно, что лучше и не получится
Можно попробовать SELECT * FROM (SELECT t.word AS realword, i.word FROM search_total t LEFT JOIN search_index i ON t.word = i.word) tt WHERE word IS NULL;
Но по логике оригинальный запрос будет быстрее...