Проблема не в версии редактора а в самом Хроме. В 18 версии появился баг с функциями
.moveTo() и .resizeTo() в 19 его вроде исправили но в 20 он появился снова...
Мучался с ней и на 6 и на 7 Друпале.

но "погуглив" я решил проблему...
надо исправить файл ckeditor.js (код обфускачен)
в файде надо найти код функции popup: