Читал про работу с разными базами, ведь работает.
Потом навело на размышеление, почему нельзя подключить и разные БД для работы.
Ну одна из бредовых идей в setting
прописать

$db_url = array (
'default' => 'mysqli://@Localhost">--@Localhost/s1',
'shared' => 'mysqli://----@IP-address/s2',
);

Еще ни как не разберусь почему когда для верхнего уровня
Тема1 путь прописать без аргументов(fanallery), то второй уровень нормально открывается.

так я и ни чего не понял, кстати taxonomy_menu с моими путями из модуля, тоже не хочет правильно отображать второй уровень primary links

Если кто встречался или знает как это обойти подскажите плиз.

Не очень понимаю для чего писать модуль чтобы использовать еще кучу других модулей в связке, когда можно без особой нужды сделать все в одном.
А вообще можно действительно некоторые функции подсмотреть в taxonomy_menu. Щас буду разбираться.

Дело наверное не в pathauto.

Мне нужно чтобы я смог стандартными методами составить двухуровневое меню с моими ссылками из модуля, причем второй уровень отображался как secondary links при нажатии на первый.

Это стандартное поведение drupal при настройка самого меню:
Source for the primary links: primary links
Source for the secondary links: primary links

Но у меня это не работает. Работает когда только когда я прописываю ссылки из таксономии.
Почему такое поведение? Вот я и запостил что-бы помогли разобраться.

Все догнал спасиб, прошу прощения за некомпетентность. Сразу как то не дошло а в доке ни где не нашел про это дело

"Для каждой темы нужно делать настройки отображения блоков и настройки самой темы отдельно "

Не совсем ясно в каком месте это все делается

Непонял. что это означает "дублирование изменения настроек" и где это делается