Основную часть проблемы решил:
убрал вложенную папку site2, с симлинком в ней,
и создал в корне site1.ru симлинк вида
site2 -> site1.ru
Теперь index.php/ не дописывается в url, кроме адреса site1.ru/site2/admin и адреса site1.ru/site2 - оба эти url принимают вид (перенаправляются?) site1.ru/site2/index.php/
Именно с завершающим слэшем. И именно по стандартному адресу админки переходит на этот index.php/

У кого-нибудь есть версии почему такое может происходить?
Кэширование выключено полностью, хотя на всякий случай кэш все равно очистил.

Читал.
Как я написал выше все сайты лежат в папке sites /
"в site1.ru и site1.ru.site2"
Вложенность выражается только в том, что адрес одного сайта site1.ru, а второго site1.ru/site2/

Мм, проморгал, я настраивал не на поддомене, а в подпапке... Так что вполне возможно, что это невозможно.

Заработает, я так и настраивал.
Куки должны быть разные.

Настроил.
Не помню точно что было, но как видно из ошибки проблема с датой.
Что делал: более плотно вникал в настройки форума phpbb, что-то поменял.
Также смотрел что-то с таблицами временных зон drupal и phpbb.
В общем из-за того что Drupal не понимал полученное от phpbb значение временной зоны пользователя, ему не удавалось запустить сессию.

Попробовал интеграцию Drupal 6 с phpbb - снова тот же результат.
Когда вхожу в Drupal, в phpbb также входит.
Когда вхожу в phpbb, в Drupal нет реакции.

Что это может быть?

DennisVV
Попробовал. Не помогает.
Заново прошел весь процесс, та же картина.
Версия Друпал 7.12, phpbb 3.10

Отзовитесь, кто интегрировал Drupal и phpbb!
Подскажите хотя бы: у вас авторизация двустронняя? или односторонняя?
Должно быть только Drupal => phpBB
или Drupal => phpBB + phpBB => Drupal ?