А как сделать, чтобы файлы из подкатегории не были видна в категории?

не .doc, а модуль docs!

А ну да... А насчёт папок не знаете?

Там в полном переводе внизу написано, что ограничение накладывается PHP

Docs, не создаёт папок, как я понял он просто вносит в файл иформацию в какой "папке" он находится, надеюсь поняли...