Проблема в самой теме drupal bootstrap. Там есть скрипт, который осуществляет плавную прокрутку страницы до якоря, он не срабатывает или срабатывает не корректно.
Если обновите версию до Bootstrap 3 (7.x-3.x-dev), то проблема исчезнет. Хотя после этого могут появиться другие

И вообще, эта тема (друпаловская) развивается плохо, последнее обновление 2013-Nov-17, а Bootstrap не стоял на месте за это время.