Была такая же проблема... Локально подключил Image Manager к TinyMCE работало все ок! После переноса в popup-окне отображалось дерево папок, количество загруженных фото, но вот сами фото не показывались ... в консоли можно было наблюдать 500 ошибку.
Проблема решилась путем удаления из папок images и files (пути к которым указывали в /php/config.php) всего содержимого, и в частности подпапки с именем ".thumbs". После этого все заработало!