Спасибо всем, разобрался, кажется... Единственное, с example.com/drupal на drupal почему-то не удалось rewrite настроить...

Вот тут - он же? http://setegnom.com/document/282

Вы не могли показать свой .htaccess, убрав из него всю sensitive information и сказать, куда _точно_ его положить? Дело в том, что, как я уже ответил выше - после установки образовался только один .htaccess - в /var/lib/drupal и в нем не было опции -Indexes...

Из корня, имеется в виду /var/www/html ? Если да - то там вообще нет .htacсess... Единственный .htaccess, который был сразу после установки - в /var/lib/drupal , но без указанной Вами опции. Её включение не помогает.