Столкнулся с подобной штукой.
Дело в том, что у моего хостера нет возможностей вызывать wget/curl/lynx (как предлагается в руководстве по установке drupal). Поэтому я пробовал изменять файл cron.php (добавлять в начало строку #!/usr/local/bin/php) по совету хостера же.
При таком раскладе получаю именно ту же самую:
Call to undefined function: drupal_bootstrap()

Также пробовал запускать через непосредственный вызов интерпретатора php с указанием скрипта в качестве параметра. Та же ошибка вылазиет.