Склоняюсь ко второму варианту:
1.установлю базовый адрес в settigs.php : http://www.mysite.ru;
2.в .htaccess сделаю перенаправление на адрес с WWW.
3.дождусь очередного индексирования на Yandex'е и уже по результатам буду смотреть.
Спасибо всем, кто откликнулся!

Интересный материал, распечатал, буду вчитываться

Как перенаправить - не вопрос, как грамотнее (т.е. чтобы PR правильно передавался, индексация была не задвоенная, и т.п.)?

Куда такой скрипт лучше вставить?

Ну даже если это робот - тоже не плохо его забанить автоматически.