попробуй все-таки через форм альтер.
Т.к. ты доступ к форме получаешь через блок...
может через форму напрямую, все ее элементы + не надо никаких циклов юзать.

function phptemplate_search_block_form(&$form) {
print_r($form);die;

}

если корректно работает, то здорово=)))

О! я придумала и проверила для семерки походу тоже должно работать

function phptemplate_search_block_form(&$form) {
$form['search_block_form']['#title']='hhh';
//print_r($form);die;

}

у меня меняется)

можешь в template.php заюзать формальтер и перебить разметку как тебе надо...это же в файлах темы
Еще, воть
$variables['elements']['search_block_form']... но почему то не получается их изменить

В функцию, где аргументы $variables, передаешь по ссылке &$variables ? Попробуй амперсанд поставить и по идее должны поменяться при присвоении..

«Можно ли как-то изменить разметку этого модуля?»

Разметку формы можно изменить через hook_form_alter, можно убрать все лишнее, добавить элементы разметки...
http://api.drupal.org/api/drupal/developer--hooks--core.php/function/hoo...

1) "Допустим при регистрации человек указал данные, что находиться в таком то городе (выбрав в словаре).
Надо чтобы все созданные ноды по умолчанию наследовали выбранную таксономию."

Если у юзера есть привязка к стране, то можно сделать через hook_nodeapi на событие insert записать в базу для этой ноды выбранную таксономию.
http://api.drupal.org/api/drupal/developer--hooks--core.php/function/hoo...

возможно, это и не самый хороший вариант...

Может стоит попробовать через hook_form_alter?
http://api.drupal.org/api/drupal/developer--hooks--core.php/function/hoo...