Удалил Syntax highlighter, поставил таки GeSHi. Проблема была в том, что я использовал либу версии 1.1, а надо 1.0. С plain text я разобрался. Переносы строк не съедает и код подсвечивает вот в такой конфигурации:

http://img571.imageshack.us/img571/1346/29452619.png

Однако теперь встал вопрос совместимости GeSHi и CKeditor (или TinyMCE, мне в общем-то по барабану), ибо plain text не всегда хватает для нужд пользователя.