Столкнулся с такой же проблемой.
Помимо таблицы System, еще прописались пути в таблицах Registry, Registry_file и menu_router. Долго искал перебором всех таблиц. Когда пути исправил, сайт заработал.

Жаль, что никто об этом не пишет. Ну хоть я напишу, может, кому-нибудь пригодится