Как я понимаю в данный момент иерархию:

1 Категории
это самый верхний элемент (неизменяемый?) - он почему то отображается у меня как блок "Категории"
сразу вопрос: а можно ли убрать или переименовать Категории например в "Меню" или "навигация"?
и как его можно переносить с места на место? Править шаблоны или в Блоках задавать вес и "право-лево"?

2. Термин это как бы подраздел в него как я понимаю можно добавить еще Термин и он будет как бы подразделом? в Термин можно добавлять статьи. Верно?

либо терминалкой например putty через SSH или еще чего нибудь если есть такой доступ... там есть командная строка.

Либо действительно phpmyadmin (обычно провайдеры предоставляют этот сервис) либо ставить его самому (но тут уж помоему без коммандной строки никак не обойтись)

Пасиб гость! Пока не проверял, но ИМХО ты популярно объяснил. по крайней мере я думаю что понял! Увага тебе!