всё оказалось очень просто,
как только прописал в начале своего крона chdir('..../www') тема перестала слетать при работе крона.

всё-таки это во время запуска крона происходит, но не каждый раз.
попробовал на сутки вообще запретить отработку крона (в начале cron.php вставил die;) и темы перестали дизеблиться.
после этого включил обратно и всё стало по новой.
при этом все мои hook_cron закомментировал и всё равно происходит лажа.

самое странное, что какое-то колличество раз крон отрабатывает нормально, а потом темы дизеблються

огромное спасибо за мегаполезные комментарии, теперь мне всё стало ясно

"drupby" wrote:

в сторону хостера.

вы имеете ввиду, что такое возможно из за каких-то странных настроек сервера?
если да, то какие такие настройки могут подобное вызывать?