Привет,

столкнулся с точно такой же проблемой (при вызове внешнего CAPTCHA скрипта )

Заработало после того, как в settings.php прописал имя своего сайта в параметре $base_url (по умолчанию он закомментирован)
$base_url = 'http://my_site.ru'

Скорее всего Drupal генерит ID сессии по разному для "своих" скриптов и внешних, учитывая имя сайта, при указании $base_url ID сессий совпадают