Наверное уже не актуально, но есть такой модуль Hypergraph и как раз для Drupal 5.х есть доработка для визуализации таксономии http://drupal.org/node/286104. К сожалению, для 6.х нет. Может быть кто-то видел другие варианты?

Т.к. сам новичок, попробую ответить на вопрос так, как я его понимаю. Не обессудьте:)

Спасибо, qfox!