А настройками, без правки темы, никак нельзя?

спасибо!
только у меня ссылка почему-то
не admin/logs/settings
а admin/reports/settings

С точки зрения SEO, Disqus не может повредить вашему сайту, если только не считать одной-двух внешних ссылок на сайт Disqus.
Чтобы читать комментарии JavaScript не нужен.
Все комментарии отображаются на вашем сайте и успешно индексируются.