Как вариант могу предположить, что это делается в install.php, но вот как? )
Поясню для чего это нужно. Задача полностью автоматизировать установку подсайта для мультисайта, причем желательно чтобы при установке не создавались лишние таблицы в базе, то есть не приходилось бы править $db_prefix в settings.php и удалять лишние таблицы, общие для всех сайтов

Модуль формирует меню на основе записей в двух таблицах из базы данных. Пункт верхнего уровня должен быть пустой ссылкой, а вложенные ссылаться на внешние адреса. Это же наверняка можно как-то несложно реализовать в коде