вкратце - если используются разные базы данных - то непонятно, зачем это надо? ради экономии 50мб?
если базы как-то пересекаются, то это усложняет процесс обновления / модификации.

Самая простая часть в обновлении в обоих случаях - это заменить файлы при обновлении, дальше идет обновление структуры бд, если оно есть.

читал комменты на друпал.орг к этой затее - несколько сайтов на одной установке.
Там очень доходчиво отговаривают от этой затеи - после этого даже мысли не возникнет так делать - проще 5 установок сделать.