Долго искал, но нашел решение этой проблемы. Если кому-то еще надо прикладываю патч. Подробности тут: http://drupal.org/node/271833
Только для Drupal6 и Views2!
Патч надо запускать из директории sites/all/modules/views. После применения можно добавить фильтр во вьюсе - Таксономия: ID Термина (с глубиной), где собственно и указывается эта глубина (указывать только положительные значения и не больше 2-х). После этого раскрыть этот фильтр и все!

Для весии 6.x-2.3 приведенный патч уже не подходит. После обновления надо вручную подправить taxonomy.views.inc: