На сколько мне известно, механизм очистки выборочного раздела кэша в APC и memcached отсутствует, так что использование cache_clear_all() и cache_flush() для отдельных типов данных будет подрывать работу всего остального сайта. Кэширование блоков на данный момент отсутствует, а это бы очень помогло. Эффективность кэширования цельных страниц с помощью APC или memcached также под вопросом, учитывая что настройки кэширования хранятся в базе данных, к которой всё равно придётся подключаться. Решение этой проблемы здорово помогло бы.