Столкнулся с аналогичной проблемой при установке Друпал 6.6 на старый PHP-сайт. Требовалось оставить его в прежнем виде и прикрепить к друпалу. В результате inklude на старых страницах перестали правильно отображаться. Несколько часов ковырялся , пока не наткнулся на этот пост.
Подправил пути и Вуаля!
Огромное спасибо автору )))