Имею ту же проблему. Хотел поставить модули bueditor и image. Копировал их в .modules и в .sites/all/modules, проверял разрешение чтения директорий (стоит 755) и пр. Запускал update.php.
Друпал не видит этих модулей, и все тут.
Сайт стоит на masterhost.ru, тариф "эффективный".

Не помогает...

Проблема была та же - ставил друпал 6.9 на мастерхост, залил архив на сайт (в дир. www), разархивировал с помощью Putty - и вижу: вот подлость! - он создал себе поддиректорию и заинсталлился туда! Видимо, архив так сделан.